Kyoshiro to Towa no Sora gira en torno a la vida de Kuu Shiratori, una chica de secundaria aparentemente normal que disfruta de su vida escolar en la Academia de la ciudad gigante, que es considerada como un símbolo de recuperación para la humanidad desde que ya han pasado diez años desde la más grande desastre que la humanidad había visto, ocurrió. Kuu ha tenido recientemente un sueño recurrente en el que un príncipe se encuentra con ella y se la lleva. Un día, mientras todos los estudiantes en su escuela se preparan para el próximo festival escolar, aparece el príncipe, a quien ha conocido varias veces en sus sueños. El príncipe, Kyoshiro Ayanokoji, le pide lo mismo que había hecho en los sueños de Kuu: "Vamos ... juntos ..."